まずは万能ツール、NMM（Nexus Mod Manager）の導入。
https://www.nexusmods.com/fallout4/mods/modmanager/?

登録は無料なので登録すべし。MODで遊ぶならここ(Nexus)の登録は必須といっていいほど。

登録後、NMMをDL中にiniファイル（設定ファイル）を先に編集。

C:\Users\ユーザー名\My Documents\My Games\Fallout 4
を開き、
Fallout4Prefs.iniの[Launcher]の下に↓を追記する。（ある場合は修正）
bEnableFileSelection=1

Fallout4Custom.iniの一番下に↓を追加する。（ない場合はファイルを作って書く）
[Archive]
bInvalidateOlderFiles=1
sResourceDataDirsFinal=

これら二つはMOD使用しますよ宣言。
ちなみにGUIによる編集ツールも出ている。

Fallout 4 Configuration Tool
（※要Nexus登録）

使い方はぐぐってね。
ボタンクリックで同じことを出来る他、
カメラやマウス感度と言ったゲームコンフィグが設定できる。

準備ができたらNMMを起動。
なんかローカルファイルのサーチを始めるので適当に待つ。持ってないゲームは赤×を押し、
持っているゲームは緑のチェックを押せばおｋ。
その後、MOD保存する場所を聞かれるのでとりあえずデフォルトでおｋ。
なんかエラーが出たら空フォルダでいいので指定通りのディレクトリを構成する。
変更したかったら違う場所を指定する。



色々OK押してこの画面になったらおｋ。
次はNMMに自分のアカウント情報を覚えさせるため、左下の赤い人型のアイコンをクリック。

ログインに成功すると緑色の人型になり、ニッコリマークが付く。

この状態にしておくことで、
 
画像のNexusのサイトのDOWNLOAD(NMM)というボタンをクリックしたときに
自動的にMODをダウンロードし、管理してくれるようになる。マジ便利。

基本的にはMODコミュニティサイトであるNexusからのNMM利用のダウンロードで事足りる。


 
DOWNLOAD(NMM)でダウンロードすると自動的にダウンロードが始まり、
NMMの左下のDownload Managerを見ることでダウンロード状況を確認できる。
（落としているのはCBBEという体型MOD）



ダウンロードが完了するとカテゴリ分けされたフォルダの中に格納され、
（画像だとModels and Texturesに入っている。
　フォルダには入っているMOD数が書いてあり、１と表記されている）
そのフォルダを展開すると落としてきたMODが表示される。
この時点ではまだMODは圧縮されたままで適用されていないので、
ダブルクリックか左のタブの緑チェックマークを押し、有効化する。
MODによってはこの時点でいくつかのセットアップをしてくれるものもある。

無事完了するとMOD名の色が灰色から黒色になり、名前の左にチェックマークがつく。

その後、左上のタブからPluginsを選び、
一覧にチェックが入っているのを確認（ここでFallout4起動時に有効化するか判断する）。
また、対象の○○.esmか○○.espをクリックすることで右側に情報が表示される。


重要なのは赤丸で囲んだ部分で、
ここに書いてあるMODが有効化されてないとそのMODは上手く動作せず、
CTD（いきなり強制終了する現象）を引き起こすことになる。
画像だとCBBE.espはFallout4.esmのみなので、
とりあえずここではこのままでOKだということがわかる。

確認が終わったら左上のLaunch Fallout4をクリックし起動する。
初回起動時にメッセージウィンドウが出て、
「NMMを終了するか、それともつけっぱなしにするか？」
と聞かれるのでどちらかを選択する。

あとはNexusに登録されているMODを眺めたり、MOD紹介サイトを見ながらMODを集め、
Fallout4に適用していき楽しむ、という感じ。

ということで
レッツエンジョイ　ポストアポカリプス！
その１




あとは蛇足。

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個人的な見解でいうと、
MODを入れるのは一回バニラ（素の状態）である程度遊んでからのほうがいい。
一回目は攻略情報を見ずにチートもハメ技もせずに試行錯誤しながらプレイする、っていうのが製作者がオススメする楽しみ方だと思うし、なにより自分が楽しい。